Sur le plan opérationnel, l’ANSS développe ses activités sur quatre sites :

Le centre TURIHO qui abrite en même temps le siège social de l’ANSS  et le centre de prise en charge des PVVIH le plus expérimenté du Burundi avec une file active de 3.226 personnes vivant avec le VIH-sida dont 1575 sous ARV au 31/12/2007; 
 
L’Antenne de KIRUNDO, créée en 2004 et qui atteint en Décembre 2007, une file active de 1383 personnes vivant avec le VIH-sida dont  528 sous ARV ;

L’antenne de GITEGA qui a ouvert ses portes au mois d’août 2005 et dont la file active  est aujourd’hui de 1184 personnes vivant avec le VIH/SIDA  dont 412 sous ARV.

L’antenne de MAKAMBA récemment créée au sud du pays et qui atteint au 31/12/2007 un effectif de ? personnes vivant avec le VIH/SIDA dont 201 sont sous ARV.

Cette décentralisation des activités de l’ANSS dans un souci de couverture nationale équitable a permis de réduire les  trajets que ses bénéficiaires devaient jadis parcourir pour obtenir les services recherchés au siège de l’association.