L’ANSS est l’émanation d’un groupe de personnes vivant avec le VIH qui, en 1993, souhaitaient s’investir dans la lutte contre le SIDA et surtout contre la stigmatisation qui s’y rapporte. Madame Jeanne GAPIYA a été l’une des premières femmes à témoigner de sa séropositivité publiquement. C’est autour d’elle que se rassemblent les premiers membres de l’association.
En 1996, l’ANSS ouvre un modeste local qui effectue du conseil et du dépistage volontaire pendant que quelques médecins bénévoles suivent des patients à partir de leur lieu de travail. A partir de 1999, l’ANSS milite pour l’accès des malades à des traitements, puis plus tard en 2002, l’ANSS  sera la première Association Sans But Lucratif à proposer des trithérapies aux patients qui pouvaient se les payer.
En 2003, l’ANSS peut enrôler 300 patients supplémentaires grâce à l’appui de la fondation AEDES. C’est en 2004 que le fond global rend disponible gratuitement des traitements ARV. Ce parcours long et difficile permettra à l’association de mettre en place progressivement une prise en charge globale dans plusieurs localités : Bujumbura, Kirundo, Gitega et Makamba.
L’ANSS reste l’association de référence dans le cadre de la prise en charge  des PVVIH au Burundi. Elle propose une réponse globale aux personnes vivant avec le VIH/SIDA, intégrant la prévention, la prise en charge médicale, un soutien actif à l’observance, un appui psychologique et social, ainsi qu’un soutien par les pairs. L’ANSS a établi une réelle relation de collaboration et de confiance avec les bénéficiaires et les malades.
Elle est parvenue également à initier une collaboration étroite avec les autres structures de soins associatives, publiques (hôpitaux et centres de santé) et privées. Aussi, elle développe progressivement un programme de renforcement des capacités qui a abouti en début de l’année 2008 à la création d’un centre de formation qui se veut  être un centre d’excellence en matière de formations sur la prévention et la prise en charge globale de l’infection à VIH.